私はPythonの開発をPycharmというIDEで行っていますが、まだあんまり全貌がつかめていません。Pycharmは2017.3 Communitu Editionです。
特に、実行環境を適当にやっていると、おかしくなります。（適当だから仕方ないね…。）
今日はデバッグできなくなるという事態に遭遇しました。
そんな時は、ここを確認してみてください。
File→Settingus→Project Interpreter
でPythonの実行環境が選べますが、ほかのプロジェクトの実行環境を選んでないでしょうか？
そうすると、実行はできるけれどもデバッグできないようです。
では、今やっているプロジェクトの実行環境を作る方法です。
①File→Settingus→Project Interpreter って選択した後、下記の画面の赤丸の部分をクリックします。
②Add Localを選択します。
③New environmentを選択します。
Base InterpreterでPythonの実行環境を選んでください。
すると、上のLocationのところに、今選択しているプロジェクトの名前＋venv という形でパスが自動的に入ると思います。
④OKをクリック