FlashコンテンツのせいでJavascriptのプルダウンメニューが隠れて表示されなかったり、ほかのレイヤーが隠れてしまうことがあります。
レイヤーの順序をZ-indexで設定しても、なぜか繁栄されません。
これはフラッシュは透過モードでないと、DHTMLレイヤーの最上位に表示されるためです。wmodeをtransparentかopaqueにすればOKです。
背景が透明なものがtransparent、不透明なものはopaqueです。
参考
http://kb.adobe.com/selfservice/viewContent.do?externalId=tn_15523
具体的には書き出されるhtmlのコードの次の部分をtransparentかopaqueにします。
<param name="wmode" value="opaque" /> ←のvalue
<embed src="○○.swf" quality="high" 途中省略 type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" wmode="opaque" /> ←のwmode
AS3から次の部分ですね。
<script language="JavaScript" type="text/javascript"> AC_FL_RunContent( 'codebase', 'http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=10,0,0,0', 'width', '900', 'height', '370', 'src', 'keyvisual3', 'quality', 'high', 'pluginspage', 'http://www.adobe.com/go/getflashplayer_jp', 'align', 'middle', 'play', 'true', 'loop', 'true', 'scale', 'showall', 'wmode', 'opaque', //ここをopaqueに変える 'devicefont', 'false', 'id', 'keyvisual3', 'bgcolor', '#666666', 'name', 'keyvisual3', 'menu', 'true', 'allowFullScreen', 'false', 'allowScriptAccess','sameDomain', 'movie', 'keyvisual3', 'salign', '' ); //end AC code </script>