初期のEclipseはプラグインのアンインストール機能が無く、プラグインのアンインストールはプラグインディレクトリからプラグインファイルを削除するだけでした。
現行のEclipseではプラグインのアンインストール機能が追加されており、アンインストール機能を使ってアンインストールしないと、Eclipseのプラグイン管理に不整合が出てしまいます。
以下、Eclipse 3.5 Galileoで動作確認した内容になります。
Help→About EclipseでEclipseのバージョン情報画面が表示されます。
Installation Detailsをクリックすると、プラグイン管理画面が表示されます。
Installed Softwareタブでアンインストールしたいプラグインを選択してUninstallをクリックするとアンインストールが実行
されます。
なお、Eclipseのプラグインの状態がおかしくなってしまった場合は、Eclipseの起動パラメーターに「-clean」をつけて起動すると修復されます。
eclipse.exe -clean