Eclipseで既にソースコードがあるディレクトリにプロジェクトを作成しようとしても、「cannot create project content in workspace」という警告が出てうまくいかないことがあります。
既存ソースコードのディレクトリに新規プロジェクトを作成するには、新規プロジェクト作成画面で「create project from existing source」を指定するのではなく、以下のようにします。
- ソースコードのあるディレクトリをワークスペースとして開き直します。
- 「import」→「General」→「FileSitem」からディレクトリを指定します。
- 「Create new project in workspace」を指定します。
（「create project from existing source」を選んではいけません。）
- 以下のようにメッセージが出るので、「finish」をクリックします。
「The specified external location already exists.If a project is created in this location, the wizard will automatically try to detect existing sources and configure the buildpath appropriately.」
参考
http://www.myeclipseide.com/PNphpBB2-printview-t-10438-start-0.html