prettyPrint は定義されていません
Web上でソースコードを見やすくするで紹介した、このサイトでも適用している、Googleが提供しているコードハイライターgoogle-code-prettify。
IE9でだけ、上記のようなJavascriptエラーが発生していました。
<body onload="prettyPrint()">
としていたのがよくなかったようです。
http://google-code-prettify.googlecode.com/svn/trunk/js-modules/run_prettify.js
上記を見ると、body onloadで呼び出す必要はないようなので、単純に
onload="prettyPrint()
を削除したらなおりました。