IE6で透過pngを非透過な画像に変換するには以下の用にします。
a.pngの透過部分を背景色スカイブルーにしてa_compose.jpgに変換する例です。
convert a.png ( +clone -alpha opaque -fill SkyBlue -colorize 100% )
+swap -geometry +0+0 -compose Over -composite
-alpha off a_compose.jpg
元画像と同じサイズの背景画像を生成し、元画像と重ね合わせ処理を行って非透過な画像を合成し、透過データを除去します。
こちらのコマンドでも透過部を除去できますが、透過部の除去処理が段階的ではなく、
1-0で処理されてしまうため、境界部が汚くなってしまいました。
convert a.png -background skyblue -flatten -alpha off a_flatten.jpg